根据工作职责，威海市委台港澳办设综合科、经济协调科、交流宣传科、港澳科4个职能科室。

综合科

负责文电、会务、督查、机要、保密、档案、值班、公务用车管理等办机关日常运转工作;负责办机关财务、国有资产管理工作,指导直属单位的财务、国有资产管理工作;负责办机关和直属单位党的建设和群团工作；负责起草有关综合性文稿；负责办机关和直属单位的机构编制、人事管理、社会保障、离退休人员管理服务等工作；负责起草全市台港澳工作规划、计划、有关重要文稿；组织指导全市台港澳系统干部教育培训工作等。（办公室电话：0631—5232472）

经济协调科

会同有关部门协调指导对台经贸工作，组织开展全市重要涉台经贸活动；协调、指导、参与有关部门和各区市开展涉台经贸、科技、金融等方面活动；承担促进威台通邮、通航、通商有关工作；指导台湾青年来威实习、就业、创业工作等。（办公室电话：0631－5177750）

交流宣传科

会同有关部门协调指导威台教育、科技、民族、宗教、文化、卫生、学术、出版、体育、司法等领域的交流合作事宜；会同有关部门处理赴台交流和参加国际活动中的涉台事务；协调指导威台民间交往交流工作；负责应邀赴台团组的审核、报批工作,负责应邀赴台团组、人员的行前教育；组织指导台胞来威的接待、管理工作；协调处理涉台突发事件；承办海峡两岸关系协会交办的事项。负责全市涉台港澳宣传、教育工作；宣传党的港澳台工作方针政策；承办中央、省委布置的涉台港澳新闻宣传任务；负责组织、指导、管理、协调海峡两岸交流基地和市刘公岛管理委员会的对台工作；研究分析对台港澳工作中的重大问题、重要事项，并提出对策建议等。（办公室电话：0631—5177752）

港澳科

综合归口管理与港澳地区各领域的交流合作事宜；负责因公赴港澳人员的审核、审批、发证和签注等工作；负责处理中央人民政府香港特别行政区、中央人民政府澳门特别行政区涉台工作与我市相关的事务；会同有关部门处理港澳居民涉我市的有关事务；参与协调威海驻港机构、企业的有关事务；参与相关调研工作等。（办公室电话：0631－5177753）

威海市台港澳事务服务中心

承担在威台港澳资企业和台港澳籍人士政策咨询、法律咨询、投诉协调等事务性工作；承担涉台港澳招商引资（引智）的联络、接待、协调等事务性工作；承担全市与台港澳地区有关交流活动的协调联络等辅助工作；承担因公赴香港、澳门特别行政区通行证的办理等事务性工作；承担全市涉台港澳突发事件应急处置辅助工作等。（办公室电话：0631-5177751）